Do chỉ đánh bắt những cá thể lớn nên ngành công nghiệp này làm giảm đáng kể các hệ sinh thái "Whale fall". Ảnh hưởng của nó vẫn chưa rõ ràng nhưng chắc chắn là nó có ảnh hưởng[15]. Có các nhà nghiên cứu cho là việc này làm giảm sinh khối của hệ sinh thái nơi biển sâu hơn 30%. Các xác cá voi sẽ đưa lượng carbon của nó xuống biển sâu để nơi này cô lập cacbon[15]. Ở đây, quá trình cô lập nay diễn ra hàng trăm, hàng nghìn năm. Họ ước tính là một xác cá voi tương đương với hàng nghìn cái cây.[16]